農作物秸稈中含有氮、磷、鉀、碳氫元素及有機硫等，特別是剛收割的秸稈尚未干透，經不完全燃燒會產生大量氮氧化物、二氧化硫、碳氫化合物及煙塵，在陽光作用下還可能產生二次污染物臭氧等。

焚燒秸稈時，大氣中二氧化硫、二氧化氮、可吸入顆粒物三項污染指數(shù)達到高峰值，其中二氧化硫的濃度比平時高出一倍，二氧化氮和可吸入顆粒物的濃度比平時高出三倍。

秸稈焚燒，極易引燃周圍的易燃物，導致“火燒連營”，一旦引發(fā)大火，往往很難控制，造成經濟損失。尤其是在山林附近，后果更是不堪設想。

秸稈焚燒也“入地三分”，地表中的微生物被燒死，腐殖質、有機質被礦化，田間焚燒秸稈破壞了這套生物系統(tǒng)的平衡，改變了土壤的物理性狀，加重了土壤板結，破壞了地力，加劇了干旱，農作物的生長因而受到影響。